وكان سمير قد اعتقل بتاريخ 20/10/1986 من شارع صلاح الدين في القدس المحتلة ، وتم نقله إلى معتقل المسكوبية حيث تعرض لتحقيق قاس، و قد وجه له الاحتلال تهمة الإنتماء لحركة "فتح"، وتفجير باص رقم 18 مقابل المحطة المركزية في شارع يافا في عام 1983، مما تسبب بقتل ستة إسرائيليين وجرح عدد كبير منهم، كما قام بتزويد منفذي عملية باب المغاربة بالسلاح، والتي قتل فيها جندي إسرائيلي وجرح 69 ، وحكمت عليه المحكمة الإحتلالية بالسجن مدى الحياة.

وقد شارك سمير زملاءه الأسرى في كافة الخطوات النضالية ضد ظلم إدارة السجون، وخاض الإضراب المفتوح عن الطعام بالرغم من وضعه الصحي المتفاقم، فهو يعاني من آلام متواصلة في يده اليمنى نتيجة للتعذيب الذي تعرض له، وآلام حادة في مركز الأعصاب في العامود الفقري أو ما يسمى ديسك بالرقبة، وكسر في الأنف، وآلام في الأذن، وأجريت له عدة عمليات جراحية.

وتعرض سمير للعقوبات والعزل عدة مرات بسبب نشاطه داخل السجن، و قد تحرر جميع أبناء مجموعته ضمن صفقة وفاء الأحرار قبل تسع سنوات (طارق وعبد الناصر حليسي، إبراهيم عليان و حازم عسيلة)، وقد حرمه الاحتلال من التحرر في صفقات التبادل عدة مرات، و هو أحد الأسرى المدرجين ضمن الدفعة الرابعة للإفراجات التي تراجع عنها الإحتلال. وقد تنقل في كافة السجون و يقبع حاليا في سجن رامون الصحراوي

قبل اربعة اعوام فجع سمير بوفاة شقيقه أبو إبراهيم الذي توفي في نفس يوم الزيارة، حيث كان يستعد سمير لاستقباله. فحرم سمير من وداعه و عناقه.